Ils ont également tardé à remarquer les signes d’avertissement à l’intérieur de la ville alors que le niveau de l’eau de la Seine montait de huit mètres plus haut que la normale, que son débit devenait beaucoup plus rapide que d’habitude et que de grandes quantités de débris apparaissaient. Fin janvier, la Seine a inondé Paris lorsque l’eau a poussé vers le haut à partir des égouts et des tunnels du métro débordants, puis s’est infiltrée dans les sous-sols à travers un sol complètement saturé et à partir du système d’égouts qui s’est engorgé, entraînant des dégâts aux sous-sols de plusieurs bâtiments.

Les eaux n’ont pas débordé des rives de la rivière dans la ville, mais ont inondé Paris à travers des tunnels, des égouts et des drains. Dans les villes voisines à l’est et à l’ouest de la capitale, la rivière est sortie de son lit et a inondé directement le terrain environnant.

Au cours de la semaine suivante, des milliers de Parisiens ont évacué leurs domiciles alors que l’eau infiltrait les bâtiments et les rues de toute la ville, entraînant la fermeture de nombreuses infrastructures de base. L’infrastructure était plus vulnérable aux inondations car la plupart d’entre elle avait été construite dans le système d’égouts afin d’éviter d’encombrer les rues.

La police, les pompiers et les soldats se déplaçaient dans les rues inondées en bateau pour secourir les résidents bloqués aux fenêtres du deuxième étage et distribuer de l’aide. Les réfugiés se rassemblaient dans des abris de fortune dans les églises, les écoles et les bâtiments gouvernementaux. Une fois que l’eau a envahi la gare d’Orsay, ses voies se sont rapidement retrouvées sous plus d’un mètre d’eau. Pour se déplacer dans la ville, les habitants utilisaient des bateaux ou empruntaient une série de passerelles en bois construites par des ingénieurs gouvernementaux et des civils.